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Inventaire des amphibiens et poissons

Des scientifiques de SPYGEN, en collaboration avec des chercheurs de France, de Hollande, du Danemark, d’Angleterre et du Canada ont récemment publié un article présentant l’approche Metabarcoding ADNe pour étudier la diversité des poissons et amphibiens dans les milieux aquatiques.

« Next-generation monitoring of aquatic biodiversity using environmental DNA metabarcoding ». Dans cet article publié en Février 2016 dans le journal « Molecular Ecology », Valentini et al. ont utilisé l’outil « ADN environnemental » ainsi que les dernières technologies de séquençage pour évaluer la diversité de deux groupes taxonomiques clés : les poissons et amphibiens, dans différents milieux aquatiques. Des marqueurs moléculaires spécifiques de ces groupes taxonomiques ont été définis. La fiabilité de la méthode proposée a été validée grâce à des approches « in silico », « in vitro » et « in situ » et les résultats ADNe ont été comparés avec des inventaires traditionnels ou des données historiques. La méthode ADNe a permis d’obtenir une bien meilleure probabilité de détection. Pour les amphibiens, la probabilité de détection avec le metabarcoding ADNe était de 0,97 (CI = 0,90–0,99) contre 0,58 (CI = 0,50–0,63) pour les méthodes traditionnelles. Pour les poissons, dans 89% des sites étudiés, le nombre de taxa détecté en utilisant l’approche ADNe était plus élevé ou identique au nombre détecté en utilisant les méthodes traditionnelles. Cette étude a donc permis de démontrer la performance et la fiabilité de l’approche metabarcoding ADNe proposée, et de souligner sa complémentarité avec des approches traditionnelles.

Pour en savoir plus, vous pouvez télécharger : Valentini et al. 2016.

© Photo Pelophylax sp. – Jelger Herder