Au-delà de la Détection : Un Nouveau Niveau d’Analyse.
Semi-quantification : Copies d’ADN.
Nous ouvrons un nouveau niveau de comparabilité. La couche de standardisation qui permet de passer de la composition relative en ADNe au sein d’un site à des comparaisons semi-quantitatives. Site à site. Saison après saison. Année après année. Inclus en standard dans chaque rapport ichtyologique. Disponible pour les autres groupes taxonomiques sur demande.
La différence — côte à côte · Un exemple concret
Scardinius erythrophthalmus — Rotengle — Site d’eau douce
| Site | Réplicats PCR | Nbre de séquences | Contribution relative en ADNe (%) | Copies d’ADN / Litre NOUVEAU |
|---|---|---|---|---|
| A | 7 sur 12 | 9 210 | 3 % | 17 738 |
| B | 4 sur 12 | 5 620 | 2 % | 8 991 |
1
Réplicats PCR
Intensité du signal ADN
L’ADN du Rotengle était plus abondant et plus facile à détecter au Site A qu’au Site B, avec 7 réplicats PCR positifs sur 12 au Site A contre 4 au Site B.
2
Nbre de séquences · Composition en ADN
Contribution relative de l’espèce à l’ADN détecté sur le site
Le Rotengle représente environ 3 % de l’ADNe au Site A et 2 % au Site B. Un signal similaire en apparence — mais seules les copies d’ADN révèlent l’image complète.
3
Copies d’ADN — l’information clé
Proxy de semi-quantification, reposant sur la technologie de PCR digitale pour une précision et une fiabilité accrues.
En examinant les molécules d’ADN par litre, le tableau change radicalement : le Site A présente ~17 700 copies / Litre — soit presque 2× plus que les ~9 000 copies / Litre du Site B.
2×
Le Rotengle est 2 fois plus abondant au Site A qu’au Site B. La contribution relative des espèces à l’ADN détecté sur le site laisse supposer une représentation similaire dans les deux échantillons.
Les copies d’ADN révèlent la véritable différence. Elles nous permettent de passer à des comparaisons semi-quantitatives entre les différents sites.
Points clés
Des comparaisons peuvent être effectuées entre des sites aux volumes de filtration différents, à condition de prendre en compte le volume réel échantillonné sur chaque site.
Permet des comparaisons entre sites et des analyses de tendances dans le temps. Il ne fournit pas de comptages précis d’organismes.
Les informations sur les copies d’ADN sont désormais incluses par défaut dans les analyses ichtyologiques de Spygen (sans surcoût, en eau douce et en milieu marin). Pour les autres groupes taxonomiques, cette information peut être fournie sur demande.
Découvrez les 3 éléments clés pour des protocoles ADNe robustes et fiables en eau douce et en milieu marin.
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Comparer et quantifier
Comparez la richesse taxonomique entre les sites et explorez des proxies d’abondance entre taxons et localités.
Suivre l’évolution dans le temps
Suivez les changements de biodiversité en comparant les résultats entre saisons ou entre années.
Identifier les patterns d’habitat
Identifiez les patterns de biodiversité au sein de groupes taxonomiques spécifiques, en lien avec le type d’habitat, sa complexité et son hétérogénéité.
Croisement avec la Liste Rouge UICN
Identifiez les espèces menacées ou envahissantes et évaluez si un site d’échantillonnage peut chevaucher une zone de nurserie ou de reproduction d’une espèce inscrite à la Liste Rouge de l’UICN.
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Les Résultats et leur Pertinence Écologique
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