Groupes Biologiques et Organismes
Notre Offre
Inventaire Complet de Biodiversité
Obtenez une vision globale de la biodiversité grâce à l’approche innovante du metabarcoding de l’ADNe développée par SPYGEN. Nos inventaires de biodiversité, réalisés à partir l’une des plus grandes bases de références génétiques privées du secteur, sont parmi les plus robustes et exhaustifs du marché.
Idéale pour le suivi de groupes taxonomiques clés dans les écosystèmes marins, cette solution puissante identifie toutes les espèces d’un groupe cible – y compris les espèces rares, élusiv ou émergentes et invasives – fournissant un outil essentiel pour l’évaluation des écosystèmes, la conservation, la recherche et le reporting d’impact.
Depuis près de dix ans, nous avons analysé avec succès des échantillons d’ADNe provenant de milliers de sites couvrant l’ensemble des écosystèmes marins mondiaux, y compris les mangroves, récifs coralliens, lagons, estuaires, herbiers marins, et les vastes grands fonds marins.
Détection des Espèces Rares
La technologie ADNe multi-brevetée de SPYGEN vise à établir les standards en matière de détection d’un large éventail d’espèces, y compris les plus rares. Alors que la plupart des entreprises se concentrent sur l’ADNe commun pour le suivi des espèces abondantes, SPYGEN a été dès le départ pionnier de l’ADNe de précision.
Cette approche exige des protocoles techniques rigoureux, tant sur le terrain qu’au laboratoire. Grâce à notre méthodologie avancée et à notre technologie de pointe, SPYGEN est aujourd’hui un leader mondial dans la détection de l’ADNe des espèces rares.
Détection des Espèces Invasives
La technologie ADNe améliore considérablement la détection précoce des espèces invasives. Comparée aux méthodes traditionnelles, l’ADNe permet d’identifier des individus invasifs sur un plus grand nombre de sites, et ce à moindre coût.
Cette capacité de détection précoce permet une action corrective rapide et contribue ainsi à limiter les dommages écologiques potentiels, car les espèces invasives peuvent rapidement perturber les habitats et supplanter les espèces natives. Les programmes de surveillance basés sur l’ADNe offrent une détection anticipée des espèces invasives, permettant ainsi des réponses plus rapides et plus efficaces pour gérer, voire prévenir, les invasions.
Suivi de la biodiversité marine par ADNe de nouvelle génération
SPYGEN & l’Université de Montpellier investissent 1,3M€
SPYGEN participe à une Chaire Industrielle d’une durée de 4 ans, attribuée par l’Agence Nationale de la Recherche à l’issue d’un processus de sélection hautement compétitif. Cette Chaire est menée en partenariat avec l’Université de Montpellier (MARBEC et CEFE) et vise à développer des solutions de nouvelle génération pour le suivi de la biodiversité marine au moyen de l’ADNe.
Avec un investissement total de 1,3 million d’euros, la Chaire vise à combiner l’écologie moléculaire, l’intelligence artificielle, la robotique avancée et les données satellitaires afin d’améliorer le suivi des écosystèmes marins, en s’appuyant sur des inventaires de biodiversité plus complets, des indicateurs écologiques plus pertinents et une modélisation environnementale plus robuste. En tant que pionnier de la technologie ADNe, SPYGEN y joue un rôle central en pilotant l’innovation technologique, en développant des outils opérationnels et en traduisant les avancées scientifiques en solutions adaptées aux acteurs du milieu marin, notamment les gestionnaires d’aires marines protégées, les opérateurs de parcs éoliens marins, les autorités portuaires et les autorités en charge de la gestion durable des ressources marines.
Plus d’informations disponibles sur le site de l’ANR.
Méthodes d’Échantillonnage
Aperçu des Méthodes d’Échantillonnage en Milieu Marin
Le protocole d’échantillonnage est une étape essentielle du processus d’analyse de l’ADNe. Un protocole bien conçu améliore considérablement la quantité d’ADNe collectée dans le milieu, ce qui permet d’obtenir des résultats plus précis.
En milieu aquatique, nous réalisons systématiquement deux réplicas par site. En milieu marin en particulier, nous filtrons en moyenne 30 litres d’eau en zone côtière et 60 litres en zone hauturière pour chaque réplica. Les stations d’échantillonnage sont généralement espacées de 2 à 5 kilomètres (en fonction de divers paramètres environnementaux) afin de garantir une évaluation précise de la biodiversité.
Nous sommes à votre disposition pour vous aider à concevoir le protocole le plus adapté à votre projet, en tenant compte des contraintes éventuelles, des spécificités environnementales et de vos objectifs finaux. N’hésitez pas à nous contacter pour bénéficier de nos conseils.
Devenez un expert de l’ADNe – Accédez à la formation gratuite
Échantillonnage en Milieux Marins Côtiers
Dans les eaux côtières, définies comme situées à moins de 6 milles nautiques du littoral et à une profondeur inférieure à 20 mètres, nous collectons un minimum de 30 litres d’eau par filtre et utilisons deux filtres afin de réaliser un réplicat de terrain. Ainsi, au moins 60 litres d’eau sont filtrés par transect.
Nous recommandons de réaliser des transects linéaires parallèles au littoral, en suivant une même courbe bathymétrique (isobathe) et en couvrant les différents types d’habitats présents à cette profondeur. Cette approche garantit un échantillonnage représentatif du milieu étudié.
Les transects linéaires peuvent atteindre une longueur maximale de 2,5 kilomètres. Tout au long du transect, l’eau est filtrée en continu à l’aide de deux filtres à haute capacité. Lorsque l’objectif de l’étude est de caractériser la biodiversité d’une zone localisée, il est recommandé de réaliser des transects circulaires autour du point d’intérêt et, plus généralement, d’adapter la forme du transect aux objectifs du projet.
Échantillonnage en Milieux Marins Hauturiers
Dans les eaux hauturières, que nous définissons comme situées à plus de 6 milles nautiques du littoral, nous collectons un minimum de 60 litres d’eau par filtre. En utilisant deux filtres par transect afin de réaliser un réplicat de terrain, cela représente au minimum 120 litres d’eau filtrés par transect. Ce volume d’échantillonnage plus important permet de compenser les concentrations d’ADNe généralement plus faibles observées en milieu hauturier.
Les transects hauturiers sont généralement plus longs, avec des distances comprises entre 2,5 et 5 kilomètres.
Comme les eaux hauturières présentent le plus souvent des profondeurs supérieures à 20 mètres, nous recommandons de combiner un échantillonnage en surface avec un échantillonnage près du fond. Les transects profonds, réalisés à proximité du substrat, utilisent soit notre micro-AUV, soit une pompe de prélèvement pour grandes profondeurs.
Échantillonnage en Milieux Portuaires
Selon la taille du site, l’échantillonnage peut être réalisé à l’aide de transects de surface où l’eau est prélevée à l’aide d’une pompe depuis un bateau se déplaçant lentement. Dans les zones très restreintes et accessibles à pied, un échantillonnage sur point fixe peut être effectué depuis les quais.
Par exemple, dans une petite marina, le transect peut couvrir l’ensemble de la zone en suivant le même protocole que pour les eaux côtières : deux filtres sont utilisés, chacun filtrant 30 litres d’eau, le long d’un parcours continu d’environ 200 à 500 mètres à l’intérieur de l’infrastructure portuaire.
Dans ce contexte, l’objectif n’est pas de décrire la biodiversité naturelle du site, mais de mettre en place un système d’alerte précoce pour la détection des espèces non indigènes. Les marinas sont des environnements semi-fermés qui tendent à concentrer l’ADNe, mais elles présentent également de nombreuses sources potentielles de contamination.
Il convient d’éviter tout échantillonnage à proximité des rejets d’eaux urbaines, des quais de pêche pendant les opérations de débarquement, ainsi que des étals de marchés aux poissons, car ces zones présentent un risque élevé de détection d’ADN provenant d’espèces pêchées ou consommées, et non de populations réellement présentes dans le milieu.
Lorsque le plan d’étude prévoit une comparaison avec les eaux environnantes, il est également recommandé de positionner certaines stations d’échantillonnage à l’extérieur de la marina.
Échantillonnage Dans Les Parcs Éoliens en Mer
Dans les parcs éoliens en mer, ainsi que dans d’autres grandes infrastructures anthropiques, la zone d’étude est généralement subdivisée en trois types de zones : zones impactées, zones intermédiaires et zones témoins. Cette approche permet de réaliser des comparaisons statistiques robustes et de mieux comprendre les effets de l’infrastructure, tout en tenant compte des influences externes ou exogènes susceptibles d’affecter les résultats.
- Les zones impactées correspondent aux secteurs directement occupés par l’infrastructure, en l’occurrence les éoliennes.
- Les zones intermédiaires sont situées entre les zones impactées et les zones témoins. Elles permettent d’évaluer les gradients d’impact et l’étendue potentielle des effets de l’infrastructure.
- Les zones témoins sont positionnées en dehors de l’influence directe de l’infrastructure, tout en présentant des conditions environnementales comparables. Elles constituent ainsi une référence essentielle pour effectuer des comparaisons fiables et pertinentes.
Au sein de chacune de ces zones, plusieurs secteurs d’échantillonnage indépendants peuvent être définis afin d’obtenir une analyse représentative des différentes composantes du projet.
Les résultats sont ensuite analysés dans le temps et aux différentes étapes du cycle de vie de l’infrastructure — depuis l’état initial avant construction jusqu’au démantèlement — afin de construire une évaluation complète des impacts écologiques.
Pour les infrastructures situées en eaux profondes, la combinaison d’un échantillonnage de surface et d’un échantillonnage proche du fond, à l’aide du véhicule sous-marin autonome de SPYGEN ou d’une pompe de prélèvement pour grandes profondeurs, permet d’obtenir une vision plus complète de la biodiversité présente sur le site.
