30 litresd’eau filtrée par échantillon le long de transects
×12réplicas PCR
Jusqu’à 1 Mde lectures de séquençage (poissons)
Que vous construisiez un état de référence de la biodiversité, que vous surveilliez une zone protégée ou que vous évaluiez un impact environnemental, la qualité de vos résultats dépend entièrement de votre protocole.
3 ÉLÉMENTS CLÉS POUR UN PROTOCOLE ADNe ROBUSTE ET FIABLE
01
Stratégie d’échantillonnage
✓ 30 litres d’eau par filtre✓ Échantillonnage le long de transects
|
02
Réplicas PCR
✓ 12 réplicas par échantillon✓ Amorces haute performance
|
03
Profondeur de séquençage
✓ Poissons marins : 1 M de lectures✓ Poissons d’eau douce : 500 K lectures
|
1
Stratégie d’échantillonnage — Le volume compte : plus vous filtrez d’eau, plus vous collectez d’ADNe. Mais la méthode est tout aussi importante : filtrez toujours en vous déplaçant le long de transects, afin d’intégrer l’eau provenant de plusieurs microhabitats.
Spygen protocol · 2 filtres haute capacité (1 réplica de terrain) · 60 litres d’eau filtrée au total · Déplacement le long de transects
2
Nombre de réplicas PCR — L’ADNe cible doit être amplifié pour être détecté. Augmenter le nombre de réplicas PCR multiplie les efforts d’amplification et améliore la probabilité de détection, en particulier lorsqu’ils sont associés aux amorces haute performance de Spygen.
Spygen protocol · 12 réplicas PCR par échantillon · Amorces haute performance
3
Profondeur de séquençage — Plus le nombre de séquences analysées est élevé, plus vous augmentez vos chances de détecter des espèces rares ou peu abondantes.
Spygen protocol · 1 million / 500 K lectures — poissons marins / d’eau douce
Assurez-vous de choisir le bon prestataire pour votre projet.
L’ADNe est très localisé et réparti de manière hétérogène. Le volume compte — plus vous filtrez d’eau, plus vous collectez d’ADNe sur votre site. Mais la méthode de collecte est tout aussi déterminante — nous filtrons en nous déplaçant le long de transects, intégrant l’eau de plusieurs microhabitats plutôt que de prélever un échantillon statique en un seul point.
Erreur fréquente
Volume de filtration faible (p. ex. 2–5 L par filtre) depuis un point fixe. Risque élevé de manquer des espèces peu abondantes ou présentes à quelques mètres seulement.
Bonne pratique
Filtres haute capacité (30 L par filtre ×2 (1 réplica de terrain), 60 litres au total), transects en déplacement, couverture multi-microhabitats.
Imaginez-le comme ça :
Imaginez que vous photographiez des animaux lors d’un safari : vous capturerez une diversité bien plus grande et obtiendrez une image plus complète de la biodiversité locale si vous passez du temps à vous déplacer dans différentes zones plutôt que de rester immobile en un seul endroit à espérer que les animaux passent devant vous.
L’ADNe des groupes biologiques ciblés doit être amplifié pour pouvoir être détecté. Nous utilisons la PCR (Réaction en Chaîne par Polymérase) — une photocopieuse moléculaire qui multiplie les fragments d’ADNe qui nous intéressent. Utiliser 12 réplicas PCR, comme nous le faisons chez Spygen, signifie amplifier l’ADNe prélevé dans 12 sous-échantillons indépendants. En raison de la variabilité naturelle de la PCR et de la distribution hétérogène des ADNe rares, une espèce présente en faible concentration peut ne pas s’amplifier dans une réaction mais réussir dans une autre.
Erreur fréquente
Nombre insuffisant de réplicas — des espèces détectées dans seulement 3 à 4 réactions sur les 12 de Spygen pourraient être totalement manquées avec moins de tentatives.
Bonne pratique
Plus de réplicas signifie une probabilité de détection plus élevée. Avec 12 tentatives, nous maximisons les chances de détecter tout ce qui est réellement présent.
Imaginez-le comme ça :
Pensez à un lancer de filet de pêche — plus vous lancez, plus vous avez de chances d’attraper ce qui est vraiment là, surtout si c’est rare. Le nombre de réplicas PCR est déterminant pour détecter les espèces rares, menacées ou invasives — en particulier lorsqu’il est associé aux amorces haute performance de Spygen pour une efficacité maximale.
C’est ce qui détermine la puissance de détection — et cela fonctionne exactement comme en statistiques. Plus vous séquencez de fragments d’ADNe (c’est-à-dire plus vous analysez ou lisez de brins d’ADNe), plus vos chances de détecter des espèces rares ou peu abondantes sont élevées.
Erreur fréquente
Avec un nombre insuffisant de lectures (p. ex. 100 000), vous aurez peut-être une couverture pour les espèces abondantes, mais les espèces rares risquent de ne pas apparaître ou d’être difficiles à distinguer du bruit de fond.
Bonne pratique
Jusqu’à 1 million de lectures par échantillon pour les milieux marins et jusqu’à 500 000 pour les milieux d’eau douce — permettant une détection statistiquement fiable même pour les espèces peu abondantes.
Imaginez-le comme ça :
C’est la différence entre des jumelles standard et un télescope haute puissance. Les deux permettent de voir, mais seul le télescope permet de distinguer les objets les plus petits ou les plus distants.
