ADN résiduel retenu à l’intérieur des bouteilles Niskin a été identifié comme la source des faux positifs. Malgré un traitement par blanchiment et une exposition à la lumière solaire, de l’ADN provenant d’une expédition antérieure dans l’océan Indien persistait sur les surfaces internes des bouteilles trois mois plus tard.
Toute contamination en laboratoire a été exclue, aucun échantillon indo-pacifique n’ayant été traité durant cet intervalle, et les ré-extractions ainsi que les ré-amplifications ayant systématiquement produit les mêmes séquences contaminantes.
À l’inverse, le protocole de filtration indépendant de SPYGEN, reposant sur des matériels dédiés à chaque site et à chaque mission, limite fortement les transferts d’ADN entre profondeurs et entre campagnes.
Résultats inattendus : des espèces indo-pacifiques détectées dans des échantillons profonds de Méditerranée
| Order | Family | Taxon | 0 m | 150m | 200m |
| Acanthuriformes | Zanclidae | Zanclus cornutus | x | x | |
| Carangiformes | Carangidae | Caranx melampygus | x | ||
| Labriformes | Labridae | Gomphosus caeruleus | x | ||
| Lutjaniformes | Lutjanidae | Lutjanus kasmira | x |
*Aucun des taxons indo-pacifiques détectés ne se rencontre naturellement en mer Méditerranée et aucun n’est reconnu comme migrant lessepsien. Leurs aires de répartition naturelles se situent dans des systèmes récifaux tropicaux de l’Indo-Pacifique, incluant pour certaines espèces la mer Rouge, ce qui rend leur détection dans des eaux méditerranéennes tempérées écologiquement non plausible.
Pourquoi est-ce important ?
Plusieurs études reposant sur l’utilisation de bouteilles Niskin rapportent une augmentation progressive de la richesse spécifique cumulée à mesure que de nouveaux sites et prélèvements sont ajoutés, y compris après des procédures de décontamination standard. Bien que ce phénomène soit souvent interprété comme la révélation progressive de la biodiversité, il peut en partie résulter de la persistance d’ADN résiduel dans les équipements d’échantillonnage.
Ce cas montre que les protocoles de nettoyage conventionnels ne permettent pas toujours de réinitialiser complètement le fond moléculaire entre des déploiements éloignés dans le temps et dans l’espace, conduisant à une inflation artificielle de la richesse spécifique et à des faux positifs. De telles contaminations peuvent fausser les états de référence, déclencher des alertes injustifiées et aboutir à des décisions erronées ainsi qu’à des coûts inutiles.
Le risque de contamination étant fortement dépendant des matériaux utilisés, le choix des matériaux est donc déterminant, ce qui souligne l’importance de recourir à des équipements à usage unique ou dédiés à une mission spécifique.
Localisation : Cap Lardier (France).
Écosystème : Coastal
Méthode d’échantillonnage : L’eau a été prélevée aux profondeurs de 0 m, 150 m et 200 m à l’aide de bouteilles Niskin précédemment utilisées lors d’une expédition dans l’océan Indien trois mois auparavant, puis décontaminées avant réutilisation par traitement à l’eau de Javel et exposition aux UV.
Groupe taxonomique : poissons, via l’amorce Teleo développée par SPYGEN.
