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Barcoding ADNe

Comment détecter la présence d’une espèce à partir d’un échantillon environnemental ?

Les expertises VigiDNA S, basées sur l’approche « Barcoding ADNe », sont principalement utilisées pour le suivi d’espèces rares ou discrètes en milieux aquatiques ou terrestres. Des analyses peuvent être réalisées à partir d’échantillons d’eau, de sol ou de fèces.

Détection d’une espèce cible à partir d’un échantillon d’eau

L’approche « Barcoding ADNe » pour le suivi d’espèces aquatiques a été mise au point en 2008 par le Laboratoire d’Ecologie Alpine. Elle est basée sur l’extraction de l’ADN contenu dans un échantillon d’eau puis son amplification à l’aide d’un couple d’amorces spécifique à l’espèce cible. Les études scientifiques menées par SPYGEN et ses partenaires ont démontré que cette nouvelle méthode permet d’améliorer la détection d’espèces aquatiques rares ou discrètes (détectabilité variable en fonction de l’espèce recherchée) et de limiter le coût des opérations d’inventaire. Elle permet également d’éviter tout risque d’introduction de pathogènes ou d’espèces exotiques envahissantes dans le milieu lors de l’échantillonnage.

Pour en savoir plus, vous pouvez télécharger : Dejean et al. 2012.pdf ; Biggs et al. 2015.pdf

Identification d’une espèce à partir de fèces

Cette expertise a été développée en 2011 par SPYGEN et le Laboratoire d’Ecologie Alpine pour l’identification d’espèces de mammifères à partir de fèces. Elle est basée sur l’utilisation d’un couple d’amorces universel pour les vertébrés* et sur des techniques de Polymerase Chain Reaction (PCR) et de séquençage Sanger. Cette méthode non-invasive est principalement utilisée pour le suivi d’espèces de micromammifères difficilement observables ou identifiables avec des méthodes conventionnelles. Les séquences ADN obtenues sont comparées à une base de référence génétique développée spécifiquement par SPYGEN.

* Technologie brevetée (CNRS – Université Grenoble Alpes) 

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