Comment détecter la présence d’une espèce à partir d’un échantillon environnemental ?
Les expertises VigiDNA S, basées sur l’approche « Barcoding ADNe », sont principalement utilisées pour le suivi d’espèces rares ou discrètes en milieux aquatiques ou terrestres. Des analyses peuvent être réalisées à partir d’échantillons d’eau, de sol ou de fèces.
Détection d’une espèce cible à partir d’un échantillon d’eau
L’approche « Barcoding ADNe » pour le suivi d’espèces aquatiques a été mise au point en 2008 par le Laboratoire d’Ecologie Alpine. Elle est basée sur l’extraction de l’ADN contenu dans un échantillon d’eau puis son amplification à l’aide d’un couple d’amorces spécifique à l’espèce cible. Les études scientifiques menées par SPYGEN et ses partenaires ont démontré que cette nouvelle méthode permet d’améliorer la détection d’espèces aquatiques rares ou discrètes (détectabilité variable en fonction de l’espèce recherchée) et de limiter le coût des opérations d’inventaire. Elle permet également d’éviter tout risque d’introduction de pathogènes ou d’espèces exotiques envahissantes dans le milieu lors de l’échantillonnage.
Pour en savoir plus, vous pouvez télécharger : Dejean et al. 2012.pdf ; Biggs et al. 2015.pdf
Protocoles d'analyse
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Contrôles qualité
Afin de garantir la qualité de nos analyses, des contrôles sont effectués à chaque étape du protocole. Ils permettent de contrôler la pureté des consommables utilisés et de détecter la présence d’inhibiteurs de PCR ou d’éventuelles contaminations au cours de l’analyse. L’ensemble des couples d’amorces spécifiques utilisés sont validés au préalable par des tests in silico (analyses bioinformatiques), in vitro (à partir de tissus) et in situ (sur des sites où l’espèce est présente à différentes densités).
