Les résultats révèlent que les ports et les réserves abritent un nombre comparable d’espèces, mais des communautés biologiques presque totalement différentes.
- Les ports sont principalement dominés par des espèces opportunistes adaptées aux infrastructures artificielles, telles que les gobies, les moules et de nombreux invertébrés vivant en surface.
- À l’inverse, les réserves accueillent des communautés plus riches et plus complexes, comprenant notamment des labres, des blennies et une diversité significativement plus élevée d’espèces de poissons menacées.
Cette tendance se retrouve dans tous les groupes étudiés, des bactéries aux poissons. La composition des communautés varie également fortement selon les saisons, soulignant l’importance de mettre en place des programmes de suivi reposant sur plusieurs campagnes d’échantillonnage au cours de l’année.
Pourquoi est-ce important ?
Cette étude remet en question l’idée selon laquelle le simple nombre d’espèces suffit à caractériser la biodiversité d’un port. Si les ports maritimes et les aires marines protégées peuvent présenter une richesse spécifique comparable, ils abritent en réalité des communautés écologiques profondément différentes, et ce à tous les niveaux du vivant.
Pour les gestionnaires portuaires et les autorités réglementaires, ces résultats montrent qu’une évaluation pertinente de la biodiversité doit s’appuyer sur l’analyse des communautés biologiques dans leur ensemble, plutôt que sur des inventaires limités à quelques groupes taxonomiques ou espèces cibles. La détection d’espèces menacées, d’espèces invasives ou l’établissement d’états de référence fiables constituent des enjeux majeurs pour les procédures d’autorisation, les certifications environnementales et la gestion des risques.
Le métabarcoding par ADN environnemental (ADNe) est aujourd’hui la seule approche permettant d’obtenir cette vision globale de manière rapide, non invasive et sans perturber les activités portuaires. Les variations saisonnières observées dans la composition des communautés renforcent également la nécessité de mettre en place des programmes de suivi reposant sur plusieurs campagnes d’échantillonnage au cours de l’année.
Les résultats de cette étude ont été publiés dans la revue scientifique Molecular Ecology et sont accessibles ici.
Mieux Comprendre les MOTUs
Les MOTUs (Molecular Operational Taxonomic Units) peuvent être comparés à des empreintes génétiques : chacun représente un organisme distinct détecté dans l’eau, même lorsqu’il n’est pas encore possible de lui attribuer un nom d’espèce.
En comparant ces empreintes entre différents sites, il devient possible de déterminer si plusieurs habitats abritent des communautés biologiques similaires ou différentes, y compris lorsque l’identification taxonomique complète n’est pas encore disponible.
Les MOTUs offrent ainsi une vision fine de la biodiversité et permettent de comparer les écosystèmes à travers l’ensemble du vivant, bien au-delà des seules espèces déjà décrites.
Localisation : Mer Méditerranée.
Écosystème : Milieu côtier.
Profondeur : 0 à 1 m.
Méthode d’échantillonnage ADNe : Des échantillons de 30 litres d’eau ont été prélevés à l’aide d’une pompe péristaltique et filtrés sur une capsule de haute capacité de 0,2 µm. Les prélèvements ont été réalisés le long de transects parcourus en kayak, couvrant l’ensemble de chaque zone portuaire.
Groupe Taxonomique : Poissons téléostéens et élasmobranches (marqueur Teleo 12S), métazoaires (Kelly 16S), eucaryotes (Euka2 18S) et procaryotes (Bact2 16S).
