Une étude a été menée dans des canyons sous-marins profonds, jusqu’alors inexplorés, au large de Banyuls-sur-Mer, en combinant des transects de surface avec des transects profonds miroir à l’aide de véhicules sous-marins autonomes (AUV).
Les transects réalisés par AUV ont permis de détecter 125 espèces de poissons, contre 106 en surface, avec seulement 61 espèces en commun, confirmant que l’échantillonnage en profondeur révèle une communauté nettement distincte, que l’échantillonnage de surface seul ne permet pas de détecter.
Au total, 13 espèces de chondrichthyens (requins et raies) ont été détectées, dont 8 exclusivement grâce aux transects profonds réalisés par AUV, incluant des espèces menacées et hautement mobiles telles que Alopias vulpinus (EN), Mobula mobular (EN) et Hexanchus griseus (LC).
Pourquoi est-ce important ?
- Les communautés de poissons mésopélagiques, largement invisibles avec les approches conventionnelles, peuvent désormais être suivies grâce à cette méthode standardisée, qui intègre également des données environnementales (température et topographie des fonds marins).
- Une structuration bathymétrique marquée est observée, avec des taxons mésopélagiques détectés de manière constante au-delà de 200 m, révélant des différences nettes entre les communautés de surface et celles des grandes profondeurs.
- Cette approche permet un suivi à haute résolution le long des gradients de profondeur, en transformant d’anciens « angles morts » en zones mesurables, améliorant ainsi la compréhension de la structure des écosystèmes et le suivi d’espèces vulnérables telles que les requins de grands fonds.
- Elle s’avère particulièrement efficace pour analyser les communautés de migrateurs verticaux, en capturant les mouvements nycthéméraux et en offrant une vision plus claire de la vie au-delà de 200 m de profondeur.
La caractérisation des communautés mésopélagiques repose traditionnellement sur des chalutages pélagiques profonds, nécessitant de grands navires de recherche, des équipements spécialisés et des ressources financières importantes. Même dans ces conditions, les résultats sont souvent biaisés par l’évitement des filets et la sélectivité des mailles.
À l’inverse, l’eDNA permet de révéler des taxons issus de multiples strates de profondeur à partir d’un seul échantillonnage, simple d’un point de vue logistique. Cette approche constitue une solution puissante et rentable pour les programmes de suivi à grande échelle, notamment dans le cadre de la Marine Strategy Framework Directive.
Localisation : côte française au large de Banyuls-sur-Mer (golfe du Lion).
Écosystème : canyons côtiers et profonds.
Profondeur : 0-300 m.
Méthode d’échantillonnage ADNe : filtration de deux volumes de 30 L sur 23 transects non chevauchants de 1 à 2 km, couvrant un gradient bathymétrique, à l’aide de pompes péristaltiques de surface et d’AUV collectant l’ADNe.
Groupe Taxonomique : poissons (amplifiés avec le primer Teleo).
