Une étude de biodiversité basée sur les protocoles d’ADNe de SPYGEN a été menée sur environ 14 mares naturelles et plans d’eau artificiels au sein d’un site Natura 2000 de 4 000 hectares dans les Ardennes belges. Les habitats prospectés couvraient un large gradient écologique, allant des tourbières ouvertes aux mares de lisière forestière et aux mares situées en forêt fermée. Le site fait l’objet de programmes de restauration écologique depuis plus de vingt ans, incluant la réintroduction de plusieurs espèces.
Grâce à une amorce vertébrés, plus de 70 taxons ont été détectés, parmi lesquels le raton laveur (Procyon lotor), espèce exotique envahissante, la cigogne noire (Ciconia nigra), dont le retour naturel a été favorisé par des actions de restauration de l’habitat, ainsi que le sonneur à ventre jaune (Bombina variegata), espèce ayant fait l’objet d’un programme de réintroduction.
Pourquoi est-ce important ?
En seulement une dizaine d’heures de terrain, une unique amorce vertébrés à large spectre a permis de détecter plus de 70 taxons de vertébrés sur un site Natura 2000 de 4 000 hectares.
Ce résultat démontre que le métabarcoding d’ADN environnemental (ADNe) de SPYGEN permet d’obtenir une vision rapide et économiquement avantageuse de la biodiversité, tout en assurant la détection simultanée d’espèces rares à fort enjeu de conservation et d’espèces exotiques envahissantes. Une telle approche peut considérablement renforcer les études préalables réglementaires, le suivi des programmes de restauration écologique et les dispositifs de détection précoce des invasions biologiques.
Par ailleurs, l’utilisation d’une amorce spécifique aux amphibiens a permis de compléter l’inventaire des espèces d’amphibiens présentes sur le site, soulignant l’intérêt d’une stratégie multi-amorces pour obtenir une caractérisation encore plus exhaustive de la biodiversité.
Découvrez quelques exemples de résultats ci-dessous.
Localisation : Ardennes belges.
Écosystème : Écosystèmes terrestres ouverts (tourbières), semi-ouverts (clairières) et fermés (forêts) au sein d’un site Natura 2000.
Profondeur : Échantillonnage en surface.
Méthode d’échantillonnage ADNe : Chacune des 14 mares (plans d’eau de moins d’un hectare) réparties sur une zone de 4 000 hectares a fait l’objet d’un prélèvement de 2 litres d’eau selon une stratégie d’échantillonnage multipoints visant à représenter la diversité des habitats présents dans chaque mare. Le volume de 2 litres a été constitué à partir de vingt sous-échantillons de 100 ml prélevés autour du périmètre de la mare, puis regroupés avant filtration. Les prélèvements ont été réalisés à pied à l’aide d’un kit de prélèvement à louche et d’une capsule de filtration de 0,45 µm.
Groupe taxonomique : Vertébrés, analysés par l’amorce V05 de SPYGEN.
Résultats ADNe – Ardennes belges (exemple de résultats)
Métabarcoding ADNe vertébrés · 14 sites d’échantillonnage · Nombre de lectures de séquences par taxon
| Classe | Ordre | Famille | Nom scientifique | Étang 1 | Étang 2 | Étang 3 | Étang 4 | Étang 5 | Étang 6 | Étang 7 | Étang 8 | Étang 9 | Étang 10 | Étang 11 | Étang 12 | Étang 13 | Étang 14 |
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