Les vertébrés comptent parmi les animaux les plus étudiés et les mieux connus. Pourtant, dans un contexte d’extinction, ils sont de plus en plus nombreux à se dérober au regard des observateurs, ne se révélant plus qu’à travers des indices de présence tels que l’ADN. Là où il fallait autrefois plusieurs jours d’observation pour localiser certains animaux — sans garantie de résultat —, quelques litres d’eau filtrée suffisent aujourd’hui à obtenir des résultats souvent plus complets et plus fiables.
Dans l’eau, l’ADN environnemental ne se limite pas à capter la signature génétique des espèces aquatiques : il détecte également les espèces semi-aquatiques, terrestres et aériennes. Par sa relative simplicité de mise en œuvre, son coût accessible et son impact quasi nul sur les milieux, l’ADNe s’impose comme l’outil de référence pour réaliser des inventaires de biodiversité, détecter des espèces cibles — qu’elles soient exotiques, rares ou menacées —, étudier les régimes alimentaires et accompagner le retour progressif du vivant dans des habitats dégradés.
Pourquoi est-ce important ?
Les vertébrés regroupent ce que l’on appelle communément les poissons, les amphibiens, les reptiles, les oiseaux et les mammifères. Parmi les résultats obtenus le long de la Loire :
- Grue cendrée Grus grus : Grand oiseau migrateur, elle était probablement de passage ou en halte lors de la période d’échantillonnage, ce qui a rendu sa détection par ADNe possible.
- Crossope de Miller Neomys anomalus : Musaraigne semi-aquatique, rare et discrète, jusqu’alors inconnue aux sources de la Loire. Elle est considérée comme bio-indicatrice.
- Sonneur à ventre jaune Bombina variegata : Petit crapaud emblématique des gorges, il fréquente les vasques granitiques creusées et remplies par la Loire.
- Loche de rivière Cobitis taenia : Poisson essentiellement nocturne, il affectionne les fonds sablonneux où il se camouffle et se nourrit. Excellent bio-indicateur, il est très sensible aux pollutions des sédiments.
- Raton laveur Procyon lotor : Dont la présence était soupçonnée dans les gorges de la Loire, il a été détecté en amont du Puy-en-Velay.
Prélèvements de terrain réalisés par Natexplorers et Conserv-Action. Analyses d’ADNe effectuées par SPYGEN. Pour en savoir plus, cliquez ici.
Localisation : Cours intégral de la Loire, du pied du mont Gerbier-de-Jonc aux portes de l’Atlantique.
Écosystème : Rivière.
Profondeur : Échantillonnage en surface.
Méthode d’échantillonnage ADNe : De mai à juillet 2022, 18 sites d’étude répartis sur 1 000 km ont été échantillonnés, pour un total de 36 échantillons. Sur chaque site, 2 réplicats de 30 litres chacun ont été filtrés à l’aide d’une capsule de filtration de 0,45 µm et d’une pompe péristaltique. Les prélèvements ont été réalisés en canoë, d’une rive à l’autre, ou à pied lorsque la navigation s’avérait difficile. Dans les deux cas, l’échantillonnage a été effectué face au courant — afin de limiter les risques de contamination — et légèrement sous la surface de l’eau, là où l’ADNe se trouve en suspension.
Groupe taxonomique : Vertébrés, analysés par l’amorce V05 de SPYGEN.
